Het verloop van het aantal meervleermuizen in de 32 gemonitoorde zomerverblijven (rode lijn) in Nederland. Hierbij dient 1994 als ijkjaar, hier is de populatie 100%. Het verloop van de populatie trend wordt weergegevens ten opzichte van het ijkjaar. In 2015 is de populatie 80% van het ijkjaar, wat duidt op een lichte afname.

De meervleermuis wordt in de winter ook gemonitoord (Dijkstra et al 2008, zie Lijst publicaties). De meervleermuis overwinterd hierbij in drie grote bolwerken: ca 350-450 dieren in bunkers langs de kust van Zuid-Holland (Atlantikwall), ca. 60-100 dieren in ondergrondse oobjecten in Gelderland (Hoge Veluwe) en ten slotte 80-120 dieren in mergelgroeven in Limburg. In andere plekken komt de meervleermuis in de winter sporadisch en vaak in lage aantallen voor. Bij de wintermonitoring dient 1986 als ijkjaar (100%, niet weergegeven in deze grafiek). Het gebruik van bekende (en daarmee beschermde/ ingerichte) winterobjecten door meervleermuizen neemt sterk toe (blauwe lijn).